Das FLI steht für die Gesundheit landwirtschaftlicher Nutztiere innerhalb der Ressortforschung. Wie schützen wir Nutztiere vor Tierseuchen und erkennen diese möglichst früh? Welche Spurenelemente benötigen Kühe in ihrem Futter? Wie erhalten wir seltene Nutztierrassen? Welche Einrichtungen brauchen Schweine oder Hühner, um sich in ihrem Stall wohl zu fühlen?
Diese und weitere Fragen rund um Infektionskrankheiten, Tierernährung, Nutztiergenetik sowie Tierschutz und Tierhaltung beantwortet das FLI durch seine Forschungen. Dabei arbeitet es mit zahlreichen nationalen und internationalen Forschungseinrichtungen zusammen. Die Forschungsergebnisse kommen letztlich auch dem Menschen zugute, sei es durch qualitativ hochwertige tierische Lebensmittel oder durch den Schutz vor Zoonosen (vom Tier auf den Menschen übertragbare Krankheiten).